พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงตระหนักถึงการคุกคามจากจักรวรรดินิยมตะวันตกที่มีต่อประเทศในแถบเอเชีย โดยมักอ้างความชอบธรรมในการเข้ายึดครองดินแดนแถบนี้ว่าเป็นการทำให้บ้านเมืองเจริญก้าวหน้าอันเป็น "ภาระของคนขาว"[9] ทำให้ต้องทรงปฏิรูปบ้านเมืองให้ทันสมัย โดยพระราชกรณียกิจดังกล่าวเริ่มขึ้นตั้งแต่ พ.ศ. 2416[9]
ประการแรก ทรงตั้งสภาที่ปรึกษาขึ้นมาสองสภา ได้แก่ สภาที่ปรึกษาราชการแผ่นดิน (เคาน์ซิลออฟสเตต) และสภาที่ปรึกษาในพระองค์ (ปรีวีเคาน์ซิล) ในปี พ.ศ. 2417 และทรงตั้งขุนนางระดับพระยา 12 นายเป็น "เคาน์ซิลลอร์" ให้มีอำนาจขัดขวางหรือคัดค้านพระราชดำริได้ และทรงตั้งพระราชวงศานุวงศ์ 13 พระองค์ และขุนนางอีก 36 นาย ช่วยถวายความคิดเห็นหรือเป็นกรรมการดำเนินการต่าง ๆ แต่สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ขุนนางสกุลบุนนาค และกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญเห็นว่าสภาที่ปรึกษาเป็นความพยายามดึงพระราชอำนาจของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทำให้เกิดความขัดแย้งที่เรียกว่า วิกฤตการณ์วังหน้า[10] วิกฤตการณ์ดังกล่าวทำให้การปฏิรูปการปกครองชะงักลงกระทั่ง พ.ศ. 2428
พ.ศ. 2427 ทรงปรึกษากับพระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าปฤษฎางค์ อัครราชทูตไทยประจำอังกฤษ ซึ่งพระองค์เจ้าปฤษฎางค์ พร้อมเจ้านายและข้าราชการ 11 นาย ได้กราบทูลเสนอให้เปลี่ยนแปลงการปกครองเป็นแบบราชาธิปไตยภายใต้รัฐธรรมนูญ แต่พระองค์ทรงเห็นว่ายังไม่พร้อม แต่ก็โปรดให้ทรงศึกษารูปแบบการปกครองแบบประเทศตะวันตก และ พ.ศ. 2431 ทรงเริ่มทดลองแบ่งงานการปกครองออกเป็น 12 กรม (เทียบเท่ากระทรวง)[11]
พ.ศ. 2431 ทรงตั้ง "เสนาบดีสภา" หรือ "ลูกขุน ณ ศาลา" ขึ้นเป็นฝ่ายบริหาร ต่อมา ใน พ.ศ. 2435 ได้ตั้งองคมนตรีสภา เดิมเรียกสภาที่ปรึกษาในพระองค์ เพื่อวินิจฉัยและทำงานให้สำเร็จ และรัฐมนตรีสภา หรือ "ลูกขุน ณ ศาลาหลวง" ขึ้นเพื้อปรึกษาราชการแผ่นดินที่เกี่ยวกับกฎหมาย นอกจากนี้ยังทรงจัดให้มี "การชุมนุมเสนาบดี" อันเป็นการประชุมปรึกษาราชการที่มุขกระสัน พระที่นั่งดุสิตมหาปราสาท[12]
ด้วยความพอพระทัยในผลการดำเนินงานของกรมทั้งสิบสองที่ได้ทรงตั้งไว้เมื่อ พ.ศ. 2431 แล้ว พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงทรงประกาศตั้งกระทรวงขึ้นอย่างเป็นทางการจำนวน 12 กระทรวง เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2435 อันประกอบด้วย
- กระทรวงมหาดไทย รับผิดชอบงานที่เดิมเป็นของสมุหนายก ดูแลกิจการพลเรือนทั้งหมดและบังคับบัญชาหัวเมืองฝ่ายเหนือและชายทะเลตะวันออก
- กระทรวงนครบาล รับผิดชอบกิจการในพระนคร
- กระทรวงโยธาธิการ รับผิดชอบการก่อสร้าง
- กระทรวงธรรมการ ดูแลการศาสนาและการศึกษา
- กระทรวงเกษตรพานิชการ รับผิดชอบงานที่ในปัจจุบันเป็นของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์และกระทรวงพาณิชย์
- กระทรวงยุติธรรม ดูแลเรื่องตุลาการ
- กระทรวงมรุธาธร ดูแลเครื่องราชูปโภคของพระมหากษัตริย์
- กระทรวงยุทธนาธิการ รับผิดชอบปฏิบัติการการทหารสมัยใหม่ตามแบบยุโรป
- กระทรวงพระคลังสมบัติ รับผิดชอบงานที่ในปัจจุบันเป็นของกระทรวงการคลัง
- กระทรวงการต่างประเทศ (กรมท่า) รับผิดชอบการต่างประเทศ
- กระทรวงกลาโหม รับผิดชอบกิจการทหาร และบังคับบัญชาหัวเมืองฝ่ายใต้
- กระทรวงวัง รับผิดชอบกิจการพระมหากษัตริย์[13]
หลังจากวิกฤตการณ์ ร.ศ. 112 (พ.ศ. 2436) ทรงให้กระทรวงมหาดไทยรับผิดชอบกิจการพลเรือนเพียงอย่างเดียว และให้กระทรวงกลาโหมรับผิดชอบกิจการทหารเพียงอย่างเดียว ยุบกรม 2 กรม ได้แก่ กรมยุทธนาธิการ โดยรวมเข้ากับกระทรวงกลาโหม และกรมมรุธาธร โดยรวมเข้ากับกระทรวงวัง และเปลี่ยนชื่อกระทรวงเกษตรพานิชการ เป็น กระทรวงเกษตราธิการ ด้านการปกครองส่วนภูมิภาค มีการรวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลาง ทำให้ไทยกลายมาเป็นรัฐชาติสมัยใหม่[14] โดยการลดอำนาจเจ้าเมือง และนำข้าราชการส่วนกลางไปประจำแทน ทรงทำให้นครเชียงใหม่ (พ.ศ. 2317-2442) รวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของสยาม ตลอดจนทรงแต่งตั้งให้พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นประจักษ์ศิลปาคม ไปประจำที่อุดรธานี เป็นจุดเริ่มต้นของการปกครองแบบเทศาภิบาล[15]
พ.ศ. 2437 ทรงกำหนดให้เทศาภิบาลขึ้นกับกระทรวงมหาดไทย ยกเลิกระบบกินเมือง และระบบหัวเมืองแบบเก่า (ได้แก่ หัวเมืองชั้นใน ชั้นนอก และเมืองประเทศราช) จัดเป็นมณฑล เมือง อำเภอ หมู่บ้าน ระบบเทศาภิบาลดังกล่าวทำให้สยามกลายเป็นรัฐชาติที่มั่นคง มีเขตแดนที่ชัดเจนแน่นอน นับเป็นการรักษาเอกราชของประเทศ และทำให้ราษฎรมีคุณภาพชีวิตดีขึ้น[16]
พระองค์ยังได้ส่งเจ้านายหลายพระองค์ไปศึกษาในทวีปยุโรป เพื่อมาดำรงตำแหน่งสำคัญในการปกครองที่ได้รับการปฏิรูปใหม่นี้ และทรงจ้างชาวต่างประเทศมารับราชการในตำแหน่งที่คนไทยยังไม่เชี่ยวชาญ ทรงตั้งสุขาภิบาลแห่งแรกของประเทศที่ท่าฉลอม พ.ศ. 2448[7
วันนี้เมื่อ 145 ปีที่แล้ว ถือเป็นครั้งแรกที่ประเทศไทยมีคณะกรรมการกฤษฎีกา เมื่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้แต่งตั้ง ‘สภาที่ปฤกษาราชการแผ่นดิน’ หรือ Counsil of State ขึ้นเมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม 2417 ซึ่งประกอบด้วยสมาชิกผู้มีบรรดาศักดิ์ชั้นพระยาจำนวน 12 คน มีหน้าที่ถวายคำปรึกษาและความคิดเห็นต่างๆ ในด้านนิติบัญญัติ และเมื่อข้อราชการใดที่ประชุมสภาที่ปรึกษาราชการแผ่นดินมีมติเห็นชอบก็ให้ออกเป็นกฎหมายบังคับใช้ต่อไป เปรียบเสมือนคณะกรรมการกฤษฎีกาในปัจจุบัน
สภาที่ปรึกษาราชการแผ่นดิน เป็นสถาบันทางการเมืองที่ก่อตั้งตามพระราชบัญญัติเคาน์ซิลออฟสเตต คือที่ปฤกษาราชการแผ่นดิน จุลศักราช 1236 เพื่อสนับสนุนพระราชอำนาจขององค์พระมหากษัตริย์ และสร้างความเจริญก้าวหน้าให้กับประเทศตามแบบตะวันตก ถือเป็นก้าวแรกของการปฏิรูปการเมืองการปกครองของประเทศไทย
สภาที่ปรึกษาราชการแผ่นดินมีพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงดำรงตำแหน่งเป็นประธานที่ปรึกษาราชการแผ่นดิน โดยที่ปรึกษาทั้ง 12 คนสามารถอยู่ในตำแหน่งนานตราบเท่าที่ทรงพอพระราชหฤทัย และผู้ที่จะดำรงตำแหน่งต้องทำพิธีสัตยานุสัตย์สาบานต่อหน้าพระพักตร์และถือน้ำพิพัฒน์สัตยา แล้วจึงจะได้รับพระราชทานตราตั้ง ผลงานสำคัญของสภาที่ปรึกษาราชการแผ่นดินคือการตราพระราชบัญญัติพิกัดเกษียณอายุลูกทาสลูกไทยที่ประกาศใช้เมื่อวันที่ 18 ตุลาคม 2417 เพื่อกำหนดค่าตัวลูกทาสให้สูงสุดตอนเป็นเด็ก แล้วมีค่าตัวลดลงทุกปีจนหลุดพ้นเป็นไทได้จนหมดประเทศเมื่อวันที่ 31 มีนาคม 2448
ทั้งนี้ก็ถือได้ว่าสภาที่ปรึกษาราชการแผ่นดินเปรียบเหมือนสถาบันแรกของประเทศไทยที่ดำเนินการด้านการร่างกฎหมายโดยเฉพาะ และให้คำปรึกษาในการบริหารราชการแผ่นดิน อันเป็นพื้นฐานในการจัดตั้งคณะกรรมการกฤษฎีกาและสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาในปัจจุบัน